MX Masterシリーズの特徴の1つと言えるサムホイール。MX Master 3ではかなり大型化しつつ、金属の中央ホイールと同じく、ゴムは使われなくなった。回したときのヌルヌルとした引っかかりのない感触は変わらないが、大型化したので回しやすい。さらに、サムホイールが大きくなったことで、戻る/進むボタンが下に移動。2Sでは進むボタン押すときに親指を少し曲げて押す必要があったが、指を曲げずに即座に押せるようになった
